专业认证与本科教学评估有着本质的不同，本科教学工作水平评估的对象是学校，认证的对象是专业。本科教学评估是对学校进行本科教学工作水平评估，硬件是大学办学的必备条件，对教学设施、教学仪器设备、师资队伍等办学硬件有规模和数量上的要求，结论是优秀、良好、合格和不合格。而专业认证是评估学校在硬件这些必备条件的基础上，专业认证不仅重视教给了学生什么，更重视学生真正学到了什么。不仅对所接受的基础教育情况全过程进行考查与评价，而且特别注重对学校输出结果——毕业生实际掌握的技能进行考查认证。认证结论不分等级，只给出的是其专业是否符合认证标准的评价（通常分为完全认可、有条件认可和不予认可等三种结论）。